U projektu ThUMB istražujemo načine utjecaja suvremene molekularne biologije na razumijevanje ključnih pojmova evolucijske biologije. Utjecaj možemo promatrati ne samo u projektima tzv. ‘velike znanosti’ (big-science), kao što je, prije svega, Projekt ljudskog genoma (Human Genome Project – HGP), odnosno njegovi nastavni projekti, primjerice ENCODE projekt (ENCyclopedia Of Dna Elements), već i u mnogim projektima tzv. ‘male znanosti’ (small-science). U tom smislu, u središtu našeg projekta bit će međusobni odnos spomenutih dviju bioloških domena – molekularne i evolucijske biologije, koji u području istraživanja (PI) filozofije biologije nije u dovoljnoj mjeri sustavno razmatran (usp. iznimno, Sarkar (2015); Doolittle (1984)).

Struktura našeg projekta je sljedeća: u prvome (1) dijelu ispitujemo kako znanstvena otkrića visoko sofisticirane strukture i funkcija eukariotskih genoma, u prvom redu ljudskog genoma, jasno upućuju na ponovno razmatranje našeg razumijevanja genomskih struktura i na doradu odgovarajućih teoretskih pojmova kao što su gen, biološka funkcija i prirodna selekcija. Naime, otkrića koja se tiču (1) mehanizama ‘genske duplikacije’ (gene duplication) i tzv. gene-sharing mehanizama; (2) mehanizama povezanim s iznimno visokim udjelom ‘mobilne DNA’, tj. transpozona u složenim eukariotskim genomima; te (3) recentnih otkrića novih funkcionalnih gena u ne-kodirajućim genomskim područjima, povlače za sobom značajne prilagodbe na pojmovnoj razini. Tako su mehanizmi genske duplikacije, najviše istraživani, glavni izvor funkcionalnih novina, ali su u isto vrijeme i uzrokom ‘glomaznih’ arhitektura eukariotskih genoma. U tom smislu, zanimljivo je istražiti ulogu prirodne selekcije u zadržavanju genetičke redundantnosti na genomskoj razini, posebice, s obzirom na mehanizme generiranja novih bioloških funkcija. Znanstvene pretpostavke o novim genima prožete su teoretskim razmatranjima o tome što, u stvari, predstavlja (novu) biološku funkciju i je li tzv. ‘pozitivna darvinistička selekcija’ nužan uvjet za njezino uspostavljanje. Primjerice, kod novih gena nastalim mehanizmima genske duplikacije pretpostavlja se da je dovoljna tzv. ‘negativna’ selekcija (negative or purifying), dok je kod generiranja tzv. de novo gena iz ne-kodirajućih genomskih područja izgleda nužno potrebna pozitivna darvinistička selekcija. Ovi primjeri ilustriraju način na koji je pojam gena usko povezan s razumijevanjem biološke funkcije, koja pak, ovisno o zastupanoj filozofskoj teoriji, može biti definirana pozivanjem na prirodnu selekciju. Ovime se pokazuje posebno zanimljiva teoretska isprepletenost navedenih karakterističnih pojmova u PI. Dodatno, otkrića velikog udjela mobilne DNA, dominantno nefunkcionalne, otvara pitanja različitih selekcijskih razina zbog toga što se ova vrsta DNA elemenata može proliferirati uslijed tzv. ‘sebičnih razloga’. U ovome dijelu projekta, naše istraživanje bit će usmjereno na sljedeća dva Cilja koji se nalaze u dijelu (d) Projektnog prijedloga: (1) razmotriti pojmovne zagonetke koje proizlaze iz znanstvenog zaključivanja u pripisivanju funkcija ‘evolucijski očuvanim područjima’ (evolutionary conserved regions (ECRs)) u eukariotskim genomima te, shodno tome, odrediti točnu ulogu prirodne selekcije u definiranju bioloških funkcija; i Cilj (2) razmrsiti isprepleteni teoretski odnos između pojmova gena, biološke funkcije i prirodne selekcije.

U drugome (2) dijelu projekta, usredotočujemo se na različite vrste znanstvenog objašnjenja u području evolucije genoma, posebice, imajući u vidu spomenute mehanizme genske duplikacije, ‘gene sharing’ i de novo sinteze gena. U tom smislu, naše je gledište da treba transformirati prevladavajuću mehanicističku teoriju objašnjenja na sljedeće načine: (i) uzeti u obzir  konkurentske teorije znanstvenog objašnjenja u molekularnoj biologiji, u prvom redu unifikacijske teorije; (ii) razraditi određene poteškoće unutar samog mehanicističkog gledišta; te (iii) integrirati strukturalnu i etiološku vrstu znanstvenog objašnjenja.

Konačno, u trećem (3) dijelu, koristeći recentne znanstvene studije/analize slučaja (case-studies), razmatramo način na koji znanstvene odluke i rezultati utječu na šire javno razumijevanje funkcioniranja znanosti o živim sustavima. Istaknut ćemo dva potencijalna problema u organizaciji znanstvenog rada u formatu ‘velikih’ (big-science) projekata. To su: (1) velika ulaganja u projekt sa sobom nose dodatan pritisak za postizanjem izvanrednih rezultata; i (2) problem data-driven ili hypothesis-free istraživanja koja izravno predstavljaju postignute rezultate široj društvenoj javnosti.

Projekt se provodi na Filozofskom fakultetu u Rijeci, Sveučilišta u Rijeci te je financiran od strane Hrvatske zaklade za znanost (Šifra: IP-2018-01-3378).